《基督日報》事件獨立調查團於2008年4月10日發表了有公信力的報告 (http://www.enquirycommittee-ghi.org/tc/index.php) ，其結論如下 :
- 偉仁大學現擁有五個學院：神學、音樂、傳理、美術與設計、資訊科技，並透過這些學院與多個國際事工機構、包括但不限於《基督日報》和耶穌青年會建立密切的聯繫。據偉仁大學所述，耶穌青年會的「積極參與」促進了偉仁大學的急速發展；
- 耶穌青年會及偉仁大學均由張在亨牧師創立，並與《基督日報》同享其異象，並在一定程度上分享共同的策略、人力、物力及其他的資源；及
- 張在亨牧師曾經與統一教有密切的關係，但沒有證據顯示張在亨牧師現在仍然與統一教有關係。
本調查團研究及比較所有證據及證供，再仔細聽取知情的內地信徒及前「耶青」成員表述他們的親身經歷，然後對照各方就相關事件涉及的人物、發生的時間及脈絡的陳述後，一致認為本調查團不能排除以下的高度可能性：
- 耶穌青年會在中國內地提倡類似統一教的教義，包括：一、耶穌第一次降世是失敗的；及二、他們的牧師（韓語稱之為Muksanim，簡稱為Msn）是「再來的主」或「再來的基督」；及
- 耶穌青年會在中國內地多處迅速發展及在多間主要大學建立據點，有組織、系統及策略地宣傳以上教義，並且採取了權威式的管理方式。
由 於本港是宗教多元化社會，調查團只能「一致表示強烈憂慮及高度關注」，提醒教會中人留意《基督日報》及「耶穌青年會」等背景及關聯。《基督日報》及「耶穌 青年會」並不因事件而停止其事工與活動。正因不少人是善忘的，也有若干機構或神學院同工不太關心或理會有關事宜， 只有《時代論壇》作較詳盡報導，其它報刊或「怕事」或不想惹事而不作報導，這就容易予有關團體有機可乘。
當有機構或神學院同工只看重本身事工或活動得著更廣泛的宣傳與報導，也不理會有關媒體背後的用心所在，而《基督日報》同工又主動地爭取採訪或報導。本港大多機構已留意《基督日報》的背景，多加以防範，不邀請其同工採訪或報導，但《基督日報》同工善於使用手段，如筆者於網絡發表有關豬流感的堂會應變，並沒有供稿予《基督日報》，其同工略作整理(http://www.gospelherald.com.hk/news/gen_1421.htm)，外界可能認為筆者認同或支持《基督日報》。
《基督日報》事件雖告一段落，然而本港與海外華人教會仍要彼此提醒，否則過了一段日子，更多機構同工或教牧淡忘時，有關組織必然繼續發展其事工與活動，使更多信徒接受其正當性與合法性！